オレオレ証明書作成プログラム
必要事項を入力してボタンを押せば証明書ができるよ
でも「管理者として実行」しないとうまくいかないよ
SelfCert: Create a Self-Signed Certificate Interactively (GUI) or Programmatically in .NET
にプロジェクトつきのEXEがあるよ
証明書発行ルーチンはDLLになっているので自作アプリに組み込めるかも
ライセンスは特に明記されてなかったけど「自由につかってね」的なことが書いてあったよ